Il 3 dicembre 1943 una spedizione punitiva irruppe nella Canonica di Voldomino e don Folli fu arrestato insieme ad un gruppo di ebrei mandatogli dall'arcivescovo cardinale Boetto. I fascisti ricercarono nella sua casa carte compromettenti, ma non rovistarono tra gli atti di battesimo e di matrimonio, dove il parroco aveva nascosto l'elenco delle persone aiutate ed altri documenti.
Don Folli fu imprigionato a S. Vittore e per intervento del cardinale Schuster fu poi liberato e assegnato al domicilio coatto a Cesano Boscone e Vittuone. Poté tornare a Voldomino pochi giorni prima della liberazione quando ormai il sistema poliziesco fascista era in disfacimento.
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